Ο Ναυτικός Όμιλος Λάρνακας ιδρύεται επίσημα το 1951 και ασχολείται με το άθληµα της ιστιοπλοΐας. Όμως οι ρίζες του Ομίλου πάνε πίσω στο 1934 όταν αρχίζει η ιστιοπλοία στην Λάρνακα. Ο τότε λιμεναρχης Λάρνακας ο αείμνηστος Παύλος Ρωσσίδης σχεδιάζει ένα μικρό ιστιοφόρο σκάφος. Το σκάφος που ονομάστηκε Μερσίνα ναυπηγεί ο γνωστός καραβομαραγκός Δημητρός Σκεπαρνίδης. Ακολούθως ναυπηγούνται και άλλα παρόμοια σκάφη και έτσι αρχίζουν να διεξάγονται ιστιοδρομίες στον κόλπο της Λάρνακας. Το 1936 γίνονται επίσημες ιστιοδρομίες.

Περί το τέλος του 1950 αρχές του 1951 αποφασίζεται οριστικά ο ίδρυση Ναυτικού Ομίλου. Ονομάζεται «Ναυτικός Όμιλος Λάρνακας Φλαμίνγκο». Σαν σήμα καθιερώνεται ο ιπτάμενος φλαμίνγκο όπως τον είχε σχεδιάσει ο Ρένος Ευρυβιάδης. Πρώτος Πρόεδρος αναδεικνύεται ο Παύλος Ρωσσίδης, Αντιπρόεδρος ο Ντίμης Δημητρίου, και Γραμματέας ο Ανδρέας Ευρυβιάδης (Wideson). Προσωρινός τόπος συναντήσεων ορίζεται το ξενοδοχείο «Τέσσερα Φανάρια». Λόγω της εκπληκτικής δράσης του Ομίλου τα επόμενα χρόνια παραχωρείται από τον τότε Άγγλο διοικητή της επαρχίας Λάρνακας το οίκημα που χρησιμοποιείται σήμερα από το τμήμα ελέγχου μετανάστευσης και αλλοδαπών της Κυπριακής Αστυνομίας για να χρησιμοποιηθεί ως εντευκτήριο του Οµίλου. Παραχωρείται επίσης η μικρή αποβάθρα της αλυκής και η μεγάλη αποθήκη λεμβοστάσιο για φύλαξη σκαφών. Από το εντευκτήριο αυτό συνεχίζουν να διοργανώνονται ιστιοπλοϊκοί αγώνες στους οποίους πολλές φορές λαμβάνουν μέρος και τα πληρώματα των Βρετανικών σκαφών της μοίρας της Μεσογείου, κατά τις επισκέψεις τους στην Λάρνακα.

Ο Όμιλος παραμένει στον χώρο αυτό και λειτουργεί με εξαιρετικά αποτελέσματα μέχρι το 1957. Με το ξέσπασμα των διακοινοτικών ταραχών αναγκάζεται αν εγκαταλείψει εσπευσμένα το θαυμάσιο αυτό χώρο μαζί με όλα τα αρχεία και το υλικό. Μένει άστεγος χωρίς υποδομή και κινδυνεύει να διαλυθεί. Το 1958 αναλαμβάνει νέος πρόεδρος ο Ντίμης Δημητρίου, ο Ανδρέας Ευριβιάδης παραμένει γενικός γραμματέας. Μετά από πολλές προσπάθειες παραχωρείται από την ανεξάρτητη πλέον Κυπριακή Δημοκρατία ένα κομμάτι χαλήτικης γης κοντά στις πρώτες δεξαµενές αποθήκευσης πετρελαιοειδών τη Λάρνακας. Αγοράζονται δύο στρατιωτικές λυόμενες παράγκες οι οποίες συναρμολογούνται από τον βασιλικό μηχανικό των βάσεων και έτσι ο όμιλος αποκτά νέο εντευκτήριο. Από το οίκημα αυτό ο όμιλος συνεχίζει να αναπτύσσει δραστηριότητα στην ιστιοπλοία και στους αγώνες ταχύπλοων σκαφών. Το 1965 αναλαμβάνει πρόεδρος ο Φοίβος Ζαχαριάδης (‘Eπαρχος Λάρνακας) με αντιπρόεδρο τον Κώστα Αλκίδα, Γραμματέας παραμένει ο Ανδρέας Ευρυβιάδης. Το 1966 διοργανώνονται στη Λάρνακα οι πρώτοι διεθνής αγώνες ταχύπλοων σκαφών. .

Στο άθληµα της ιστιοπλοίας ο όμιλος συναγωνίζεται επάξια τους Ναυτικούς Οµίλους Αμµοχώστου και Λεμεσού που έχουν ιδρυθεί το 1960 και 1961 και αναδεικνύει πρωταθλητές και παγκυπριονικες όπως τον Μάριο Καραπατάκη. Το 1965 δημιουργείται τμήμα κολύμβησης το οποίο λαµβάνει μέρος αρχικά σε συναντήσεις που γίνονται με την ευκαιρία της γιορτής του κατακλυσµού και στα πλαίσια άλλων εκδηλώσεων. Αρχίζουν σιγά-σιγά να πραγματοποιούνται κολυμβητικές συναντήσεις μεταξύ Ναυτικού Ομίλου Λάρνακας και Ναυτικού Οµίλου Αμμοχώστου στην Λάρνακα και στην Αμμόχωστο. Τα πρωταθλήµατα κολύμβησης άρχισαν να διοργανώνονται κατά το 1967 με βαθµολογίες ομίλων κυρίως μεταξύ των ναυτικών ομίλων Λάρνακας και Αμμοχώστου και αργότερα και με τους ναυτικούς ομίλους Λεµεσού και Πάφου. Όλα τα σωματεία ανήκουν τότε στην Ελληνική ομοσπονδία ΕΚΟΦ.

Το 1971 αναλαμβάνεϊ νέος πρόεδρος του Ομίλου ο Δρ. Αννίβας Φράνσις. Την ίδια χρονιά με την κατασκευή του λιµανιού ο όμιλος υποχρεώνεται και πάλι να μετακινηθεί. Ενοικιάζει το παραλιακό κέντρο Αλάμο που βρισκόταν στο χώρο που είναι σήμερα το ξενοδοχείο Λένιος.

Το 1972 ιδρύονται οι ομοσπονδίες ερασιτεχνικής κολύμβησης, ιστιοπλο'ι'κή ομοσπονδία και η σύνθετη ομοσπονδία κωπηλασίας και Κανό-Καγιάκ. Ιδρυτικά μέλη είναι οι ναυτικοί όμιλοι Λάρνακας, Αμμοχώστου, Λεμεσού και Πάφου. Το 1972 επίσης µε τον νόμο «ο περί σωματείων και ιδρυμάτων νόμος του 1972» ο Ναυτικός Όμιλος Λάρνακας εγγράφεται επίσημα ως αθλητικό σωματείο με αριθμό μητρώου 1612.

Το 1974 με την τουρκική εισβολή το οίκημα του ομίλου φιλοξενεί πρόσφυγες οι οποίοι εκδιώχθηκαν από τα σπίτια τους. O Όµιλος αναγκάζεται να μετακινηθεί και πάλι σε νέο χώρο που παραχωρείται από τις Κυπριακές αρχές στην τουρκοκυπριακή συνοικία της Λάρνακας. Είναι ένα πολύ παλιό σπίτι πάνω στη θάλασσα το οποίο βρισκόταν σε απόσταση 150 μέτρα από τον χώρο που είναι σήμερα το κέντρο «Ζέφυρος». Οι προπονήσεις της ιστιοπλοίας γίνονται πλέον μπροστά από το νέο οίκηµα και οι προπονήσεις κολύμβησης στο Θαλάσσιο χώρο έξω από την μαρίνα Λάρνακας, ο οποίος χώρος άρχισε να ονομάζεται ως «κολυμβητήριο».

Το 1980 ο Ναυτικό Όμιλος Λάρνακας συμμετέχει στους Ολυμπιακούς αγώνες της Μόσχας με του πρωταθλητές ιστιοπλοίας Μάριο και Ντίμη Καραπατάκη. Είναι η πρώτη φορά που Κύπριοι ιστιοπλόοι λαμβάνουν μέρος σε Ολυμπιακούς αγώνες. Την ίδια χρονιά νέος πρόεδρος του ομίλου αναλαμβάνει ο Αλκαίος Πετρίδης, Αντιπρόεδρος ο Ανδρέας Χατζηκώστας, και Γραμματέας ο Ανδρέας Ψαράς. Αρχίζει μια μεγάλη προσπάθεια για την παραχώρηση κρατικής γης και διευθετείται συνάντηση με τον τότε πρόεδρο της Κυπριακής Δημοκρατίας αείμνηστο Σπύρο Κυπριανού.

Το Φεβρουάριο του 1981 το Υπουργικό Συμβούλιο εγκρίνει την εκμίσθωση στον Όμιλο παραλιακής κρατικής γης της ενορίας Χρυσοπολίτισσας εκτάσεων 6 σκαλών για περίοδο 33 ετών με δικαίωμα ανανέωσης, για την ανέγερση μόνιμων εγκαταστάσεων. Το 1981 οι κολυμβητικές ομάδες του ομίλου αρχίζουν προπονήσεις για πρώτη φορά σε πισίνα γλυκού νερού, την πισίνα του Κοινοτικού Κέντρου.

Τον Μάρτιο του 1982 αναλαμβάνει νέος πρόεδρος ο Γεώργιος Καραπατάκης με Γραμματέα τον Ανδρέα Ψαρά. Το νέο συμβούλιο δραστηριοποιείται στην ανέγερση του εντευκτηρίου. Με πολλές προσπάθειες με δωρεές από τα μέλη και φίλους του ομίλου και με πολλή εθελοντική εργασία γίνεται κατορθωτό να αναγερθεί το κτίριο του ομίλου το οποίο με κάποιες βελτιώσεις υπάρχει μέχρι σήμερα.

Το 1984 αναλαμβάνει πρόεδρος του ομίλου ο Δρ. Αννίβας Φράνσις με Γ ραμματέα τον Πέτρο Κρασσά.

Το 1988 ο Ναυτικός Όμιλος Λάρνακας και η Κύπρος εκπροσωπούνται στους ολυμπιακούς αγώνες της Σεούλ από τους ιστιοπλόους του ομίλου Άντρο Καραπατάκη και Χρίστο Χριστοφόρου.

Το 1990 ο όμιλος εγγράφεται επίσημα στο μητρώο του Κυπριακού οργανισμού αθλητισμού και παραλαμβάνει το σχετικό πιστοποιητικό αναγνώρισης με αρ. 116. Τον ίδιο χρόνο αναλαμβάνει πρόεδρος ο Κίκης Λευκαρίτης με αντιπρόεδρο τον Τάσο Χριστοφόρου και Γραμματέα τον Ανδρέα Ψαρά. Τα επόμενα τρία χρόνια και μετά από μεγάλες προσπάθειες γίνεται δυνατή η παραχώρηση και επιπρόσθετου τεμαχίου γης δίπλα στο εντευκτήριο του ομίλου στο οποίο ανεγείρεται το κολυμβητήριο 25 μέτρων στο οποίο θα προπονούνταν οι κολυμβητικές ομάδες του ομίλου.

Το 1998 ο όμιλος δημιουργεί τμήµα υδατοσφαίρισης. Δημιουργείται μία ομάδα από 15 παλιούς κολυμβητές οι οποίοι συμμετέχουν στο πρώτο παγκύπριο κύπελλο αντρών την ίδια χρονιά. Τα επόμενα χρόνια δημιουργούνται συγκροτημένες ομάδες αντρών, νέων, και παίδων. Μετά την εφαρμογή της νέας νομοθεσίας για τις άδεις ταχύπλοων σκαφών το 2000 ο όμιλος εξασφαλίζει σχετική άδεια από το υπουργείο συγκοινωνιών και αρχίζει την διενέργεια εξετάσεων ταχύπλοων σκαφών. Την ίδια χρονιά οι κολυμβητές του ομίλου Αλέξανδρος Αρέστης και Ναταλία Ρουμπιίνα και ο ιστιοπλόος Αιµίλιος Οικονομίδης λαμβάνουν μέρος στην ολυμπιάδα του Σύδνεη στην Αυστραλία. Στις εκλογές του 2001 επανεκλέγεται πρόεδρος ο Κίκης Λευκαρίτης και αντιπρόεδρος ο Πέτρος Κρασσάς.

Το 2004 οι κολυμβητές του ομίλου Αλέξανδρος Αρέστης, Κυριάκος Δημοσθένους, και Γιώργος Δημητριάδης λαμβάνουν μέρος στους ολυμπιακούς αγώνες της Αθήνας. Τα επόµενα χρόνια γίνεται μεγάλη προσπάθεια από το Διοικητικό Συμβούλιο να πεισθούν ο ΚΟΑ και το κράτος ότι είναι αναγκαία η κατασκευή πισίνας 50 μέτρων ολυμπιακών προδιαγραφών. Κατασκευάζεται τελικά το ολυμπιακό κολυµβητήριο Λάρνακας στο Κίτιον αθλητικό κέντρο το οποίο παραδίδεται το 2006, και οι αθλητικές ομάδες κολύμβησης και υδατοσφαίρισης του ομίλου μετακινούνται στο νέο κολυμβητήριο.

Το 2005 κατασκευάζεται μεγάλη αποθήκη δίπλα από το κολυμβητήριο για την φύλαξη των ιστιοπλο'ι'κών σκαφών και των καν-καγιακ, τα οποία ήταν εκτεθειμένα στις καιρικές συνθήκες. Κατασκευάζεται επίσης σύγχρονη ράμπα σκαφών για την εύκολη είσοδο των σκαφών στην θάλασσα.

Το 2007 αναλαμβάνει πρόεδρος ο Πέτρος Κρασσάς, αντιπρόεδρος ο Γιώργος Χατζηγεωργίου και γραμματέας η Λουκία Χατζηκωνσταντή.

Κατά το 2008 γίνεται εκτεταμένη ανακαίνιση του εντευκτηρίου του ομίλου με δαπάνη που ξεπερνά τις 160.000 χιλιάδες Ευρώ. Τα επόµενα χρόνια και μέχρι σήμερα συνεχίζονται οι προσπάθειες του συμβουλίου για την ανάπτυξη των αθλημάτων με την αγορά σκαφών και υλικού και της εξασφάλισης ικανότερων προπονητών. Το 2008 επίσης με προτοβουλία του Αντιπροέδρου Γιώργου Χατζηγεωργίου και βοήθεια του Συμβουλίου ο όμιλος εντάσσεται στην Κυπριακή Ομοσπονδία Τριάθλου.

Το 2017 εκλέγεται νέος Πρόεδρος του ομίλου ο Γιώργος Χατζηγεωργίου με Αντιπόεδρο τον Νίκο Νικολάου και Γραμματέα τον Στυλιανού Μιχάλη.

Σήμερα ο Όμιλος διαθέτει αθλητικές αγωνιστικές ομάδες στα αθλήματα κολύμβηση, υδατοσφαίριση, ιστιοπλοία, κανό-καγιακ και τρίαθλο. Ο όμιλος λαμβάνει επίσης μέρος στους αγώνες ανοικτής θαλάσσης με πληρώματα σκαφών. Οι ομάδες κολύμβησης και υδατοσφαίρισης προπονούνται καθημερινά στο ολυμπιακό κολυµβητήριο Λάρνακας στο Κίτιον αθλητικό κέντρο και οι ομάδες ιστιοπλοίας και κανό-καγιάκ προπονούνται στη θαλάσσια περιοχή μπροστά από τον όμιλο.